外显子组测序_上海捷易生物科技有限公司

外显子组测序的科学意义与价值

外显子组是一个物种基因组中全部外显子区域的总和，它是基因行使其功能最直接的体现。人类外显子组序列约占人类全部基因组序列的1%，但大约包含85%的致病突变。全外显子组测序（Whole exome sequencing,WES）是利用序列捕获技术将全外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因分析方法。通过高通量测序技术进行外显子组测序，能够直接发现与蛋白质功能变异相关的遗传突变。相比于全基因组重测序，外显子组测序更加经济、高效。同时基于大量的公共数据库提供的外显子数据，能够结合现有的资源更好地解释研究成果。目前，外显子组测序技术已经应用到寻找与各种复杂疾病相关的致病基因和易感基因的研究中。

适用研究方向

单基因疾病致病变异检测

检测单基因孟德尔遗传疾病样本中外显子区域内致病或疑似致病变异

复杂疾病检测

配合大样本分析，确定多基因复杂疾病相关外显子SNP位点和基因

肿瘤基因检测

检测肿瘤样本外显子区域内的体细胞突变

群体研究

用于种群遗传学研究的大规模样本基因组分析，检测SNP位点并绘制种群图谱

高效建库与捕获，确保外显子区域全面覆盖

KAPA高效、无偏好性建库平台

高密度探针设计-更好的覆盖目标区域

NimbleGen SeqCap EZ全外显子捕获平台

样本起始量要求低，可做到0.1μgDNA起始量

高保真扩增酶KAPA HiFi酶--有效降低扩增偏差和增强覆盖度

捕获流程 (2).jpg

40天	10Gb	ALL
项目周期	数据量	分析内容

全面的生物信息分析

精准聚焦外显子组区域，利用序列捕获技术将全外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序，从外显子组水平解读编码区上的变异信息，预测该变异信息与疾病的关联性。

基础信息分析

. 数据质量评估与相关统计
. 基因组覆盖度、测序深度分析
. 捕获效率评估，均一性分析
. SNV/InDel检测、注释及统计分析
. 基于公共数据库的多态性位点过滤

高级信息分析（遗传病）

. 氨基酸保守性预测
. 调控区注释分析
. 临床意义分析
. CNV检测分析
. 散发样本关联分析）
. 家系样本遗传分析
. 候选位点筛选
. 候选位点基因功能及通路分析

高级信息分析（肿瘤）

. 易感基因筛查
. 驱动基因筛查
. 肿瘤异质性分析
. 突变特征分析
. 体细胞突变检测分析
. LOH检测分析
. 高频位点分析
. 高频位点基因功能与通路分析
. 驱动突变预测
. 肿瘤样本进化分析
. 靶向用药预测
. 耐药突变筛选

技术团队	项目经验	结题项目	项目服务
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常见问题

什么是外显子组测序(exome sequencing)，具有什么优势及不足？

外显子组测序是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域 DNA 捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。由于外显子区域较小，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，测序深度高，经济高效。对研究遗传病及肿瘤的 SNP、Indel 等具有较大的优势，但无法研究基因组结构变异如染色体断裂重组等。
什么是测序深度和覆盖度？

测序深度是指测序得到的总碱基数与待测区域长度的比值。假设测序所得总数据量为3G（3×109 bp）测序目标区域长度为 50M（5×107 bp），则理论的测序深度为60X，但是由于测序低质量数据、重复序列、探针捕获效率差异等因素，实际统计的测序深度通常低于理论值。捷易会根据既往经验适度调高测序数据量，以保证结果达到研究所需。覆盖度是指实际测序所测到的区域占待测目标区域的比例。由于基因组中的高 GC、重复序列等复杂结构的存在，鉴于技术限制，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖有所的区域。
与全基因组测序相比，外显子测序有哪些优势和不足？

与全基因组测序相比，外显子测序具有测序覆盖度更深、数据准确性更高、花费成本更低等优势。结合公共数据库提供的大量外显子的数据，测序数据能更好的解释研究的结果。其不足之处是只能获得外显子区域内部或边界的变异信息，不能得到探针未覆盖区域上的变异信息；同时，只能检测SNV/InDel，不能检测到基因组内较大的结构性变异。
测序深度需要达到多少？

最佳测序深度取决于研究的目的，同时需要与所需经费进行一定的平衡。对于遗传病的胚系变异检测来说，30X左右的深度已经足以达到较高的准确度；而对于肿瘤样本中体细胞突变的检测来说，则需要提高测序深度以增加低丰度变异的检出率和准确性。捷易推荐的全外显子测序数据量通常能达到80—100X的平均测序深度，足以满足大部分研究者所需。